Um dem Verlust der biologischen Vielfalt wirksam entgegenzutreten, bedarf es belastbarer Daten zum Zustand und zur Veränderung von Natur und Landschaft sowie zu wichtigen Einflussgrößen. Mit dem Biodiversitätsmonitoring werden für den jeweiligen Bezugsraum repräsentative Daten mit standardisierten, wissenschaftlich fundierten Methoden über lange Zeiträume anhand von Stichproben erhoben. In Deutschland gibt es bereits einige etablierte Monitoringprogramme, die wertvolle Daten u.a. zu bestimmten Artengruppen oder Lebensräumen erheben und auswerten. Um eine Beobachtung und Bewertung der Situation der Biodiversität zu ermöglichen, bedarf es jedoch einer Zusammenführung vorhandener Informationen und einer Ergänzung durch neu zu entwickelnde Monitoringprogramme mit dem Ziel eines umfassenden bundesweiten Biodiversitätsmonitorings.
Das Ziel der Einrichtung des nationalen Monitoringzentrums zur Biodiversität ist es, den Ausbau des bundesweiten Biodiversitätsmonitorings, d.h. der Monitoringpraxis, auf der Basis vorhandener Monitoringprogramme voranzubringen und langfristig zu sichern. Damit soll eine möglichst umfangreiche und statistisch belastbare Datengrundlage geschaffen werden, die kurzfristig abrufbar ist und fundierte Analysen zu Ursachen von Biodiversitätsveränderungen sowie das Aufzeigen von Handlungsmöglichkeiten zur Förderung, Schutz und nachhaltiger Nutzung durch Forschung einschließlich Ressortforschung ermöglicht. Das bundesweite Biodiversitätsmonitoring soll sowohl den terrestrischen als auch den marinen Bereich sowie Binnengewässer abdecken. Ein weiteres Ziel ist die Bedarfsermittlung und Bereitstellung von Methodenstandards und einheitlichen Definitionen unter Berücksichtigung bestehender Verfahren. Auch dadurch soll erreicht werden, dass Monitoringdaten zusammenführbar und vergleichbar sind. Außerdem sollen Monitoringdaten und Fachinformationen wie Kartieranleitungen und -standards sowie wissenschaftliche Veröffentlichungen leichter zugänglich und verfügbar sein.
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