Das WHG beinhaltet grundsätzliche Bestimmungen über die Gewässerbewirtschaftung, genauer die Wassermengen- und Wassergütewirtschaft. Gewässerbewirtschaftung in Deutschland wird in großem Maße von den Grundsätzen der Nachhaltigkeit und des Natur- und Umweltschutzes bestimmt. Dabei stehen folgende wichtige Zielsetzungen für die Gewässerbewirtschaftung im Vordergrund:
- Die Leistungs- und Funktionsfähigkeit von Gewässern als Bestandteil des Naturhaushaltes sollen erhalten und verbessert werden,
- Beeinträchtigungen auch der Landökosysteme und Feuchtgebiete sollen vermieden werden,
- die Gewässer sollen zum Wohl der Allgemeinheit genutzt werden,
- die Belange der öffentlichen Wasserversorgung sollen berücksichtigt werden,
- möglichen Folgen des Klimawandels soll vorgebeugt werden,
- der Entstehung von nachteiligen Hochwasserfolgen soll entgegengewirkt werden und
- der Schutz der Meeresumwelt muss beachtet werden.
Zum Verständnis nachhaltiger Gewässerbewirtschaftung gehört auch, dass ein hohes Schutzniveau für die Umwelt insgesamt zu gewährleisten ist. Diese Form von integriertem Umweltschutz stellt sicher, dass mögliche nachteilige Auswirkungen von Gewässerschutzmaßnahmen auf andere Schutzgüter vermieden werden.
Ein wichtiger Grundsatz der Wasserwirtschaft, der auch im WHG verankert ist, ist die Erhaltung des naturnahen Zustands der Gewässer oder soweit möglich die Rückführung erheblich veränderter Gewässer in einen naturnahen Zustand.
Mit dem Ziel, möglichen Folgen des Klimawandels vorzubeugen wird dem Umstand Rechnung getragen, dass auch der Wasserhaushalt vom Klimawandel betroffen ist und dessen Beachtung in der Bewirtschaftung der Gewässer somit eine maßgebliche Rolle spielen muss. Dabei geht es in erster Linie um Vermeidungs- und Anpassungsstrategien, was beispielsweise die Erhöhung der Wassertemperatur, Niedrig- und Hochwassersituationen oder Wasserknappheit betrifft.